Madre de Dios es capital de la biodiversidad del Perú, es habitado por siete pueblos indígenas: Harakbut, Ese Eja, Yine, Matsigenka, Kichua Runa, Shipibo y Amahuaca. Un número no determinado de familias Yine y Matsigenka viven en situación de aislamiento; mientras que la mayoría de Matsigenka se encuentran en situación de contacto inicial.

Aunque el 56% de Madre de Dios se encuentra designado como área protegida, el departamento enfrenta una intensa explotación de sus recursos naturales, en gran parte ilegal, que atenta contra el patrimonio natural y el bienestar de las personas. En Madre de Dios convergen procesos ecológicamente destructivos que el Estado Peruano ha posibilitado y/o ha sido incapaz de reprimir o revertir: deforestación y quemas agropecuarias, ampliación de vías de penetración, minería aurífera aluvial, tala ilegal, narcotráfico, explotación de hidrocarburos.

La apertura de carreteras que penetran en la selva son la principal causa de deforestación de la Amazonía, particularmente en Madre de Dios, lo que además posibilita la extracción de maderas, la actividad agropecuaria por pequeños colonos agricultores y el cultivo de coca para el tráfico ilícito de droga. Estos procesos ecológicamente dañinos entran en sinergia con el trastorno climático global, contribuyendo a acelerarlo.

Prácticamente toda la minería aurífera en Madre de Dios es ilegal. Su efecto ecológico es devastador, porque la actividad consiste en la remoción total de la cobertura vegetal y del suelo orgánico y la excavación masiva de material mineral hasta decenas de metros de profundidad. Esta minería retorna a la atmósfera prácticamente todo el carbono conservado en la biomasa y el suelo del bosque. Tras ella solo quedan paisajes desérticos, horadados e intoxicados, donde la regeneración de los ecosistemas originales es improbable. Alrededor de 100,000 hectáreas de bosques y humedales han sido devastadas por la minería aurífera, solo en el departamento de Madre de Dios 

En Madre de Dios y el resto de la Amazonía, la vulnerabilidad climática de los pueblos indígenas es alta pero heterogénea; en el contexto de una situación de seguridad y supervivencia cultural muy incierta y precaria. El peligro que representa el cambio climático para los pueblos indígenas no puede expresarse como un promedio ni un valor unidimensional, pues el trastorno ya se manifiesta y se manifestará de manera diferente en distintas regiones, y las necesidades, capacidades y carencias específicas de cada pueblo se verán afectadas en formas y medidas diferentes.

Los pueblos indígenas amazónicos contribuyen de manera determinante a la mitigación del cambio climático, mediante la defensa y uso comparativamente sostenible de los territorios bajo su control. Existe sólida evidencia del buen manejo territorial de los pueblos indígenas y de su impacto benéfico en la mitigación del cambio climático.

El Estado peruano debe asumir con prontitud y firmeza sus obligaciones climáticas y hacia los pueblos indígenas de la Amazonía. En particular, debe controlar y revertir el daño provocado por las actividades que destruyen y degradan los ecosistemas, reprimir a las agrupaciones criminales y reconocer y proteger adecuadamente los derechos colectivos de los pueblos indígenas.